Nulla si sa di preciso circa le origini di San Calogero.
Forse la zona è stata abitata in tempi neolitici. Di sicuro la scoperta di alcune tombe saraceno-bizantine, testimonia l'esistenza del paese durante la denominazione araba.
Il nome San Calogero fu preso da quello di San Calogero di Calcedonia, morto nell'860 presso Sciacca in Sicilia. Il paese fu sede, nella Contrada Casalello, di un antico ed importante monastero benedettino-basiliano dedicato a Sant'Opolo.